第三方背调公司和HR自主背调的主要区别可以从以下几个方面来看：

专业性：第三方背调公司通常专门从事背调业务，拥有专业的团队和经验，对于如何进行背调以及在背调过程中可能遇到的问题有着丰富的经验。相比之下，HR自主背调可能在这方面不够专业，可能没有足够的经验和知识来应对所有可能的问题和挑战。

资源：第三方背调公司通常有更多的资源进行背调，例如他们可能有接触到的更广泛的人脉网络，或者访问到更多的数据库和信息源。而HR自主背调可能在资源上有所限制。

公正性：第三方背调公司作为独立的机构，能够提供更为公正的背调结果。而HR自主背调可能存在一些主观性，例如可能受到公司文化、价值观或者个人观点的影响。

成本和时间：HR自主背调在时间和成本上可能更具优势。他们可以在需要的时候立即进行背调，而且不需要支付额外的费用。然而，第三方背调公司可能需要更多的时间和成本，但他们的报告可能更为全面和准确。

隐私保护：第三方背调公司通常有严格的隐私保护政策，以保护被调查人的个人信息。而HR自主背调可能在这方面没有那么严格的规定。

总的来说，选择使用第三方背调公司还是HR自主背调取决于公司的需求和资源。如果公司需要一个更为专业、全面和公正的背调，那么可能会选择使用第三方背调公司。如果公司需要更快、更便宜的背调，那么可能会选择HR自主背调。